O sistema curricular no Colégio de Amorim assenta numa coerência que permite aos alunos que prossigam os seus estudos, sem terem necessidade de mudar de estabelecimento de ensino, numa aprendizagem mais integradora, pautada pelas seguintes razões: um grupo estável de docentes que, muitas vezes, acompanha a mesma turma ao longo de alguns anos de escolaridade, tendo uma visão holística, integradora e transversal da turma/alunos, por poder promover uma melhor articulação das aprendizagens essenciais e um mesmo corpo de intenções pedagógicas de que se revestem as várias fases do processo cumulativo e evolutivo do domínio de conhecimentos e capacidades e de estruturação de atitudes, ditado pelas necessidades apontadas no Projeto Educativo.
No Ensino Secundário, são disponibilizados os seguintes Cursos Científico-Humanísticos:
Em todos os Cursos Científico-Humanísticos há o reforço de carga horária nas disciplinas bienais e trienais.
